Добрый день, Алена!
Ранее доход при выплате участнику общества при его выходе вообще не облагался НДФЛ, если участник владел долей более пяти лет.
С 1 января 2025 года применение данной льготы по НДФЛ уточнили. Теперь она доступна только российским налоговым резидентам. При этом установили ограничение по размеру налоговой базы: льготу не применяют к части налоговой базы, превышающей 50 млн руб. Такое превышение определяют с учетом возможности применить вычет, установленный статьей 220 НК.
Это означает, что в вашем случае доход будет облагаться НДФЛ в сумме, превышающей 50 млн.
Налог должен удержать налоговый агент, то есть организация, которая выплачивает доход. При расчете НДФЛ налоговый агент не уменьшает доходы на расходы по приобретению доли и не предоставляет имущественный вычет. Налоговый агент не располагает данными о расходах участника и не обязан их запрашивать. (Письмо Минфина от 02.10.2020 № 03-04-06/86502). Таким образом, налоговый агент не определяет разницу между действительной стоимостью доли и расходами на ее приобретение, следовательно, не рассчитывает и не удерживает НДФЛ с такой разницы, как с дивидендов (подп. 1 п. 1 ст. 208 НК).
Заявить налоговому агенту расходы на приобретение доли по пункту 11 статьи 226 НК физлицо не вправе. Заявить вычет или расходы налогоплательщик-резидент может только при подаче декларации 3-НДФЛ в ИФНС (п. 7 ст. 220 НК).
То есть в вашем случае ООО удерживает НДФЛ с 10 млн рублей (60-50). Далее по окончании года участник подает в налоговую 3-НДФЛ и может еще заявить свои расход (1 млн, которые он взносил в УК при учреждении или большую сумму — если он за эту сумму купил долю позже) и получить возврат налога с этой суммы вычета.
В целом выкуп или продажа доли третьему лицу при этих же условиях не будет иметь эффекта для целей налогообложения, так как расчет НДФЛ будет производится примерно в этом же порядке.
