Здравствуйте,
Если Вы в добровольном порядке не снимитесь с регистрационного учёта по месту жительства, то отцу придется обращаться в суд с иском об утрате права пользования и выселении Вас. На основании решения суда Вас снимут с регистрационного учёта в силу ст 7 Закона РФ «О праве граждан Российской Федерации на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах Российской Федерации» от 25.06.1993 N 5242-1
Снятие гражданина Российской Федерации с регистрационного учета по месту жительства производится органом регистрационного учета в следующих случаях:
е) выселения из занимаемого жилого помещения или признания утратившим право пользования жилым помещением — на основании вступившего в законную силу решения суда;
Но отцу нужно доказать в суде что Вы фактически не проживаете, не ведёте с ним общего хозяйства, не имеете в квартире вещей, не несете бремя содержания имущества и т.д. Вы фактически же там проживаете насколько я понимаю. Поэтому, тут ещё не факт, что суд удовлетворит его иск.
А вот что касается регистрации по месту пребывания подруги, то либо она перестает действовать по окончанию срока, на который оформлялась либо собственник ( Отец) обращается с заявлением в произвольной форме о снятии подруги с учёта
Постановление Правительства РФ от 17.07.1995 N 713
При досрочном убытии гражданина из жилого помещения, не являющегося его местом жительства… лицо, предоставившее ему жилое помещение для временного проживания, обращается с заявлением в произвольной форме о снятии его с регистрационного учета по месту пребывания с указанием даты убытия (если такая дата известна) либо направляет заявление почтовым отправлением или через Единый портал в орган регистрационного учета, который производил регистрацию по месту пребывания этого гражданина
Хоть и указывается, что заявление подаётся при досрочном убытии, но собственник заявление направит, никто фактически проверять не будет убыло лицо или нет. С регистрационного учёта снимут.
То есть, относительно Вашего снятия с учёта отцу придется обращаться в суд. А по подруге может снять с учёта путем направления заявления на снятие. Если с учёта ее снимут, то у нее нет оснований оставаться в квартире.
Никто не будет проверять. Отец направит заявление на снятие, ее снимут.