Я свидетель на суде, обвиняемый будет присутствовать?

Да, обвиняемый (а в суде он уже именуется подсудимый) будет присутствовать. Судебное разбирательство проводится с обязательным участием подсудимого (ст. 247 УПК РФ), иначе это будет нарушением его права на защиту, что повлечёт отмену приговора. Как свидетелю обвинения вопросы вам сначала задаст государственный обвинитель (прокурор), потом вопросы вправе задать подсудимый и его адвокат, суд может спрашивать в любой момент. В суде необходимо давать правдивые показания, вы будете предупреждены об уголовной ответственности за отказ от дачи показаний и за дачу ложных показаний под расписку. Если что-то не помните, так и говорите. Если что-то перепутаете, то скорее всего прокурор огласит ваши показания из материалов дела (которые вы давали следователю), и уточнит верно ли было записано. Запрещается задавать наводящие вопросы, оказывать давление. Если вопрос не относится к делу, его можно отвести, за этим должен проследить прокурор. Если Вы не поняли вопрос, можете его уточнить, его переформулируют. К подсудимому, как и ко всем участникам судебного заседания, предъявляются правила поведения, нарушения порядка в суде пресекаются, за нарушения выносится предупреждение, а затем этот участник может быть удалён из зала суда, для обеспечения порядка в зал суда может быть приглашён судебный пристав.