Должно ли ателье вернуть деньги клиенту?

Возвращать деньги ателье не обязано, если:

длину определяли при примерке вместе с клиентом;
работа выполнена в точном соответствии с согласованной длиной;
после выдачи изделия клиент стирал брюки, и усадка произошла уже после приёмки работы. Это не недостаток услуги, а последствие эксплуатации вещи (свойства ткани/режима стирки). По закону требования о возврате денег возможны только при недостатках самой работы, а их должен доказать потребитель.
При этом у исполнителя есть обязанность предупреждать о значимых условиях использования результата работы (в нашем случае — что после стирки возможна усадка, стоит постирать/дека́тировать до укорочения или оставить припуск). Если такого предупреждения не было и это существенно влияло на результат, клиент может ссылаться на непредоставление надлежащей информации — тогда спор оценят с учётом этой обязанности. Но и в этой истории клиенту всё равно нужно показать, что «коротко» стало именно из-за отсутствия предупреждения, а не из-за неверного режима стирки и т. п.
Нормативная опора (коротко и по делу)
ЗоЗПП, ст. 29: требования при недостатках выполненной работы (возврат денег/уменьшение цены/безвозмездное устранение и т. д.) — применимы, если есть недостаток работы. При отсутствии гарантийного срока заявлять можно в разумный срок, но в пределах 2 лет — однако это работает только для дефектов, существовавших до приёмки.
ГК РФ, ст. 736: подрядчик при сдаче работы обязан сообщить требования к использованию результата и возможные последствия их несоблюдения (в т. ч. про усадку).
ЗоЗПП, ст. 36: исполнитель обязан своевременно предупредить, если указания заказчика/иные обстоятельства (например, отсутствие предварительной стирки) могут снизить качество результата. 
Правила бытового обслуживания № 1514: услуга оказывается по письменному заказу/квитанции; при приёмке клиент заявляет видимые недостатки; о «скрытых» сообщает в разумный срок после обнаружения. 
Судебный подход: потребитель должен доказать наличие недостатка услуги; если «коротко» стало после стирки, это обычно не порок работы, а результат эксплуатации. 

Что сделать сейчас — чтобы закрыть конфликт корректно
Поднимите документы: заказ-квитанцию/чек, отметки о примерке, фразы вроде «длина согласована, претензий нет при выдаче», дату выдачи. Это ваши ключевые доказательства надлежащего исполнения. Правила № 1514 прямо требуют письменного оформления заказа. 
Спокойный письменный ответ клиенту (вручение под подпись/почта):

работа выполнена по заказу и согласованной длине, приёмка состоялась, претензий при выдаче не заявлялось;
укорочение длины возникло после стирки — это не недостаток услуги;
в качестве доброй воли предложить платную корректировку (если есть припуск) или иное решение. Сошлитесь на ст. 29 ЗоЗПП и п. 12 Правил № 1514 (про приёмку и последующие сообщения о скрытых дефектах). 
Если клиент настаивает на «возврате денег за неправильную работу» — предлагайте экспертизу (текстильно-технологическую) для установления причины: усадка ткани после стирки либо исходная ошибка в измерении/выполнении шва. По потребительским спорам суды смотрят, кто доказал именно недостаток услуги. Если экспертиза подтвердит эксплуатационную причину, оснований для возврата денег нет. 
Как подстраховаться на будущее (чтобы такие споры не возникали)
Включайте в квитанцию/заказ информационную оговорку (не “отказ от прав”!):
«Клиент предупреждён, что ткань/изделие может дать усадку после стирки и рекомендуема предварительная стирка (дека́тировка) до определения финальной длины; длина согласована на момент примерки/выдачи». Это исполнение обязанностей по ст. 736 ГК РФ и ст. 36 ЗоЗПП, а не ограничение прав (ст. 16 ЗоЗПП нарушать нельзя). 
Делайте в табеле/квитанции отметку о примерке и согласованной длине; при выдаче — «претензий по длине нет». Это соответствует Правилам № 1514 о приёмке. 
Предлагайте клиенту дека́тировку/стирку до укорочения как отдельную услугу либо оставляйте дополнительный припуск по просьбе клиента.
 
Итог
Юридической обязанности возвращать деньги — нет, если укорочение выполнено по согласованной длине и «коротко» стало из-за усадки после стирки. Это не недостаток услуги. 
Риск для ателье может возникнуть только если клиент докажет, что вы не исполнили обязанность предупредить об условиях использования/риске усадки, и это существенно повлияло на результат. Поэтому держите фокус на документах приёмки/примерки и информационных предупреждениях.