Заявление писать как обычно за две недели или за месяц?

Добрый день, Юлия.

Вы выполняете две разные работы:

Ваша основная работа по вашей должности и
Работа временно отсутствующего заведующего (исполнение его обязанностей).

Трудовой кодекс РФ четко разделяет эти понятия:

Совмещение профессий (должностей) (ст. 60.2 ТК РФ): Выполнение в течение установленной продолжительности рабочего дня наряду со своей основной работой дополнительной работы по другой или такой же профессии (должности) за дополнительную оплату. Требуется ваше письменное согласие и издание приказа.

Исполнение обязанностей временно отсутствующего работника — это частный случай совмещения. Оформляется так же.

Доплата за интенсивность труда — это стимулирующая выплата за повышенную нагрузку на вашей основной должности. Она не является заменой оплаты за выполнение совершенно другой, более высокой и ответственной работы.
Вывод: Вам должны были оформить именно совмещение должностей (исполнение обязанностей) с установлением конкретной доплаты. Доплата за интенсивность в данном случае — это некорректная попытка работодателя оплатить вашу работу, не оформляя ее должным образом.

 
Как уйти с этих обязанностей?
Вы имеете полное право прекратить выполнять несвойственные вам обязанности. 

Согласно части 4 ст. 60.2 ТК РФ, вы вправе досрочно отказаться от выполнения дополнительной работы, а работодатель — досрочно отменить поручение о ее выполнении, предупредив об этом другую сторону в письменной форме не позднее чем за три рабочих дня.

Поскольку обязанности заведующего не были оформлены официально, размер доплаты был установлен произвольно. При правильном оформлении совмещения размер доплаты определяется по соглашению сторон, но он должен быть адекватен объему и сложности работы. Вы могли иметь право на большую сумму.

С уважением к Вам, «Ваш адвокат» Ветлужская Н.Ю.

P.S Если ответ был Вам полезен, не забудьте поставить "+".