И как я понимаю без учетной записи госуслуг это сделать нельзя, так как механизм такой: - Реестр

Здравствуйте!

1) Что требует закон

Регистрация ДС только в электронном виде через сервис ФСА (ФГИС Росаккредитации), запись в реестр делает нац. орган по аккредитации (ФСА). ДС подписывается усиленной квалифицированной ЭП заявителя (ИП/юрлица) или уполномоченного лица; в отдельных случаях, прямо предусмотренных правом ЕАЭС, регистрацию может осуществлять орган по сертификации. Пункты 2, 3, 5, 6, 7 Правил к ПП РФ № 936 от 19.06.2021.  
Фактический доступ к сервису ФСА — через ЕСИА (Госуслуги): на странице авторизации ФГИС — кнопка «Войти через Госуслуги»; официальные руководства ФСА прямо указывают на вход через ЕСИА.  
Кто может быть заявителем. ИП (в т.ч. на НПД) может выступать заявителем; физлица без статуса ИП — нет. В руководстве ФСА указано, что доступ в сервис ограничен для физлиц, не зарегистрированных как ИП.  
Нормативка по микрозелени (как пищевой продукции):
— ТР ТС 021/2011 «О безопасности пищевой продукции» (в т.ч. процедуры на принципах ХАССП — ст. 10);
— ТР ТС 022/2011 «Пищевая продукция в части её маркировки».  

2) Можно ли оформить ДС без госуслуг?

По сути — нет, если регистрируете сами. ПП № 936 требует электронную регистрацию через сервис ФСА с УКЭП; сам сервис ФСА технически авторизует пользователей через ЕСИА (Госуслуги). Поэтому без учётной записи ЕСИА у заявителя/представителя войти и подписать ДС невозможно. 

Единственная альтернатива из ПП № 936 — случаи, когда правом ЕАЭС прямо предусмотрено, что регистрацию ДС осуществляют исключительно органы по сертификации; тогда они регистрируют ДС своей УКЭП, а документы вы можете подать им даже на бумаге (п. 3 абз. 2; п. 6). Для большинства пищевых ДС по ТР ТС 021/2011 регистрация идёт через заявителя, поэтому на практике требуется ЕСИА. 

3) Практический план (пошагово)

Получите/подтвердите учётную запись ЕСИА (Госуслуги) на своё имя (ИП) либо на доверенного представителя. Вход в ФГИС — через ЕСИА.  
Оформите УКЭП на ИП (или представителя по доверенности) — для подписания ДС (требование ПП № 936, п. 5).  
Подключите ЛК в ФГИС Росаккредитации (привязка ИП в системе) и проверьте технические требования (плагин/криптопровайдер) по руководству ФСА.  
Определите схему декларирования (обычно 3д/4д для серийного выпуска по ТР ТС 021/2011) и проведите испытания в аккредитованной лаборатории; подготовьте доказательственные материалы. (ЕАЭС: единые формы и правила — Решение Коллегии ЕЭК № 293; схемы — акты ЕЭК).  
Обеспечьте ХАССП на месте производства (ТР ТС 021/2011, ст. 10).  
Зарегистрируйте ДС в реестре через сервис ФСА, подписав УКЭП (ПП № 936, пп. 2, 5, 7). Возможна оплата через подсистему «Платежи» ФГИС (официальное руководство).  
Маркируйте продукцию по ТР ТС 022/2011 (надписи, состав, срок годности и пр.).  

4) Итог

В ПП № 936 прямо не написано «Госуслуги», но оно обязывает регистрировать ДС через сервис ФСА и подписывать УКЭП.
Сам сервис ФСА авторизует только через ЕСИА (Госуслуги), что подтверждено официальными материалами ФСА. Следовательно, самостоятельно — без учётной записи Госуслуг сделать нельзя. Допускается регистрация органом по сертификации лишь в узких случаях, когда это прямо установлено правом ЕАЭС; для пищевой продукции по ТР ТС 021/2011 обычно регистрирует сам заявитель, поэтому ЕСИА понадобится.  

Если мои материалы вам полезны, Вы можете отблагодарить меня по ссылке m.pravoved.ru/pay/lawyer-reward/id/4241969/

даже 50-100-200 ₽ очень помогают продолжать писать и отвечать на вопросы. Спасибо за любую поддержку!

Буду рада Вашей положительной оценке ответа. 

С уважением,

Набатова Екатерина