Раньше товары отправлялись также от меня через Почту или курьерские службы напрямую покупателям

Здравствуйте!

Правовые нормы 

УСН (доходы): доходы признаются по кассовому методу; при агентской схеме у принципала датой дохода считается день оплаты покупателем агенту (поступление денег на счёт/в кассу агента), а не дата перечисления агентом вам. Это позиция ФНС и Минфина (ст. 346.17 НК РФ + письма).  
Содержание агентского договора: ГК РФ, глава 52 (ст. 1005–1008) — агент действует от своего имени/от имени принципала; обязателен отчёт агента.  
Налоговый контроль реальности операций: ст. 54.1 НК РФ (деловая цель, реальность сделки/контрагентов).  
Валютное регулирование (экспорт): обязанность обеспечить зачисление выручки резидента от нерезидента на счёт в уполномоченном банке РФ (репатриация) по 173-ФЗ. Нарушения — ст. 15.25 КоАП РФ.  
Анти-отмывочное законодательство: 115-ФЗ — банк вправе запрашивать документы, ограничивать операции при рисках (в т.ч. при использовании личных счетов для предпринимательских расчётов).  
Маркировка «Честный знак»: действует в РФ; общая база — ст. 20.1 381-ФЗ и профильные ПП РФ/решения ЕЭК по группам товаров. Товары, помещённые под таможенную процедуру экспорта за пределы ЕАЭС, не подлежат обязательной маркировке РФ. Если товар уже промаркирован, коды нужно вывести из оборота с причиной «экспорт». Для поставок в ЕАЭС — свои режимы (EAS_TRADE/«Отгрузка в ЕАЭС»).  

Ответы на ваши два вопроса

(1) «Будет ли моя цепочка доставки интересна налоговой при проверке?»

Да, интересна — но в пределах стандартных рисков. Что смотрят:

Правильность признания дохода при агентской модели (кассовый метод + дата оплаты покупателем агенту; отчёты агента, акты).  
Реальность операций и деловая цель (ст. 54.1 НК РФ): реальный агент/посредники, фактическая отправка товара, соответствие документов маршруту.  
Валютный контроль по 173-ФЗ: зачислялась ли выручка от нерезидента в уполномоченный банк РФ (репатриация) и в сроки договора/инвойса.  
115-ФЗ и банковские риски: использование личных карт/счетов для бизнеса повышает вероятность запросов/блокировок; лучше платить/получать через расчётный счёт ИП и держать подтверждающие документы.  

Вывод: сама «сложная» логистическая цепочка — не проблема, если документы подтверждают путь товара и деньги за экспорт заходят как положено (репатриация), а агентская схема оформлена и отражена в учёте корректно.

(2) «Скоро вводится маркировка для части моих товаров — нужна ли она при отправке покупателю в Бразилию (напрямую/через Казахстан)? И не прилетит ли потом на проверке?»

Разделим случаи: A. Прямая отправка РФ → Бразилия (за пределы ЕАЭС) под таможенную процедуру экспорта.

Маркировка РФ не требуется. Это прямо следует из разъяснений ФТС по Соглашению о маркировке в ЕАЭС: экспорт за пределы таможенной территории ЕАЭС не подлежит обязательной маркировке РФ. Если товар уже промаркирован (например, остатки), вы обязаны вывести коды из оборота (причина «экспорт») в ГИС МТ. На проверке с вас спросят таможенные/почтовые документы и факт вывода кодов (если были).  

B. Отправка через Казахстан. Тут два принципиально разных варианта: Транзит/экспорт «в Бразилию» (без помещения в оборот ЕАЭС). Формально это всё равно экспорт за пределы ЕАЭС — маркировка РФ не нужна, при наличии корректного таможенного оформления (транзит/экспорт) и вывода кодов из оборота при наличии маркировки.  
Поставка в ЕАЭС (на казахстанский склад/посреднику) — а уже оттуда реэкспорт в Бразилию.

Перемещение в ЕАЭС не является экспортом за пределы ЕАЭС; по ряду товарных групп требуется отражение операций в ГИС МТ: «Отгрузка в ЕАЭС» или «Вывод из оборота (EAS_TRADE)» в зависимости от статуса маркировки у принимающей стороны. Практика и инструкции ЦРПТ это предусматривают.  
Поэтому безопасно либо сразу оформлять экспорт из РФ (без ввода в оборот в ЕАЭС), либо, если логистика через ЕАЭС и товар относится к маркируемым — следовать процедурам ГИС МТ для ЕАЭС (и, при необходимости, маркировать до отгрузки, если так предписано для конкретной группы).  

Ответ про «а вдруг на проверке спросят маркировку»:

Если у вас экспорт из РФ за пределы ЕАЭС и это подтверждено документами, требовать наличие российской маркировки нельзя. Спросят только: была ли маркировка на остатках и корректно ли вы её вывели из оборота (если была), а также корректность таможенных/почтовых документов. 

Что подготовить (чек-лист документов)

Агентская схема:

Агентский договор (кто от чьего имени действует, размер/удержание вознаграждения, отчёт агента, сроки перечислений).
Отчёты агента + реестр платежей покупателей → дата признания дохода у вас = дата оплаты покупателем на стороне агента (фиксируете это в учёте/КУДиР).  

Экспорт:

Контракты/оферты с нерезидентом, инвойсы, треки/накладные (CN22/23, CMR, airway bill), таможенные документы (ДТ/почтовая декларация; при ЕАЭС — документы по ГИС МТ «Отгрузка в ЕАЭС»/EAS_TRADE).  
Подтверждение зачисления выручки от нерезидента на счёт ИП в уполномоченном банке РФ (репатриация).  

Маркировка (если ваша группа попадает под ЧЗ):

Регистрация в ГИС МТ, ЭДО, операции «вывод из оборота: экспорт» (если товар был промаркирован). Инструкции ЦРПТ.  

115-ФЗ/банковские риски:

По возможности уйти от «личных» карт для бизнес-расходов, держать пакет подтверждающих документов по цепочке (договоры/счета/накладные/трек-номера).  

Прослеживаемость (только если ваши товары в перечне ПП РФ № 1110): формы уведомлений/отчётов ФНС по приказу № ЕД-7-15/645@. Большинство хендмейда туда не попадает, но проверьте код ТН ВЭД.  

 Пошаговый план (минимизация рисков)

В договоре с маркетплейсом/агентом чётко закрепите: чья выручка, кто получает оплату, как удерживается комиссия, срок и форма отчёта агента.  
В учёте по УСН 6% отражайте доход на дату оплаты покупателем агенту (по отчёту агента/выписке агента), а не на дату перевода вам.  
Для поставок в Бразилию выбирайте таможенный экспорт из РФ (даже при транзите через Казахстан) — так вы избегаете российского требования о маркировке и ограничиваетесь «выводом из оборота» при наличии марки.  
Если логистика через ЕАЭС с помещением товара в оборот — заранее проверьте, требует ли ваша группа операции в ГИС МТ для ЕАЭС (EAS_TRADE/«Отгрузка в ЕАЭС») и нужна ли маркировка до отгрузки.  
Деньги от нерезидентов — на расчётный счёт ИП в уполномоченном банке РФ; сроки и валютные условия — в контракте/инвойсе, храните подтверждения зачисления (репатриация).  
Не используйте системно личные карты для бизнеса; это банк-риск по 115-ФЗ.  

 Итог — «коротко»

Налоговой интересна не «длина цепочки», а доказуемость: реальность поставок/агента (ст. 54.1), корректное признание доходов по агентской схеме (ст. 346.17 НК РФ; письма ФНС/Минфина), репатриация выручки.  
Маркировка при экспорте в Бразилию: если это экспорт за пределы ЕАЭС, российская маркировка не требуется; если товар был промаркирован — выполните «вывод из оборота: экспорт». При маршруте через Казахстан без таможенного экспорта из РФ — действуют режимы для ЕАЭС (EAS_TRADE/«Отгрузка в ЕАЭС»).  

Буду рада Вашей положительной оценке ответа (плюсику).

Если мои материалы вам полезны, Вы можете отблагодарить меня по ссылке m.pravoved.ru/pay/lawyer-reward/id/4241969/

даже 100-200-300 ₽ очень помогают продолжать писать и отвечать на вопросы. Спасибо за любую поддержку!

С уважением,

Набатова Екатерина