Что нужно мне делать в этом случае, возвращать самостоятельно или пусть компания подает в суд?

Здравствуйте!

Юридическая сторона вопроса.

Деньги пришли с пометкой «начисление зарплаты», счетной ошибки здесь нет. Это ошибка конкретного сотрудника.

Вашей вины здесь нет. Нет и обязанности вернуть эти деньги. Основание ст. 1109 ГК РФ. 

Задним число ничего менять нельзя, это нарушение со стороны компании.

Вы имеете право не возвращать это деньги. Это проблема компании, что его сотрудники допускает ошибки, а главный бухгалтер не контролирует

Здравствуйте.

Если переплата произошла по вине работодателя (ошибка бухгалтера, неверно указан вид начисления в 1С), то по закону Вы не обязаны возвращать эти деньги добровольно, если не было Вашего умысла или ошибки в расчётах с Вашей стороны.

Согласно статье 137 Трудового кодекса РФ, удержания из заработной платы допускаются только:
– для исправления счётных ошибок;
– при излишней выплате, если работник не имел права на эти суммы и знал об этом.

В Вашем случае речь идёт не о счётной ошибке (например, неверно сложенные цифры), а о неверном назначении вида начисления — это ошибка работодателя при оформлении, а не Ваша вина.

Значит:

Работодатель не может удержать деньги из следующей зарплаты без Вашего письменного согласия.
Если Вы не согласны возвращать — пусть компания обращается в суд. Только суд вправе признать переплату подлежащей возврату.

В суде компания должна доказать, что переплата — результат именно счётной ошибки, а не их организационной или технической. На практике суды чаще становятся на сторону работника.