Между работником и работодателем должен был быть заключен срочный трудовой договор, на период декретного отпуска основного работника, если договор бессрочный у работодателя в последствии возникают проблемы с дальнейшей трудовой деятельностью в частности специалиста, который исполняет обязанности руководителя так как его увольнение может произойти только в соответствии с п. 2 ст. 83 ТК РФ Прекращение трудового договора по обстоятельствам, не зависящим от воли сторон, в связи с восстановлением на работе работника, ранее выполнявшего эту работу, по решению государственной инспекции труда или суда.
В Вашем случае, если не будет предложена равноценная с трудовым договором должность алгоритм увольнения должен быть таким же.
Ведь уйти по собственному желанию или по соглашению сторон Вы конечно не согласитесь, сокращение штата тоже не предвидится.