Оформили электронный билет по паспортным данным, но при себе только военный билет, допустят ли на посадку в поезд в таком случае?

Арсен, в большинстве случаев — да, должны допустить, но есть важные нюансы.
Согласно п. 82 Правил перевозок пассажиров, багажа и грузобагажа ж/д транспортом (утв. Приказом Минтранса РФ № 473 от 19.12.2013), посадка по электронному билету допускается при предъявлении документа, удостоверяющего личность, данные которого позволяют идентифицировать пассажира. Для граждан РФ такими документами являются не только паспорт, но и военный билет — он прямо относится к документам, удостоверяющим личность (п. 1 ст. 10 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе»).
Однако есть риск: если электронный билет оформлен именно на паспорт РФ (серия, номер), а вы предъявляете иной документ, проводник вправе усомниться в совпадении данных и отказать в посадке. На практике всё зависит от перевозчика и конкретного поезда.
Рекомендации:
— если есть возможность, заранее обратиться в кассу РЖД и внести изменения в данные билета;
— прибыть заранее и быть готовым подтвердить личность;
— при отказе требовать письменное объяснение (это важно для возврата денег).
Формально закон позволяет использовать военный билет, но риски отказа сохраняются, если данные билета и документа не совпадают.