Оплатят ли мне и моей жене дорогу в отпуск жд транспортом?

Ситуация у вас связана с военными пенсионерами, поэтому важно разделить виды компенсаций.

1. Оплата проезда к месту отпуска для военных пенсионеров

Закон РФ «О статусе военнослужащих» и постановления правительства РФ закрепляют, что военнослужащие при ежегодном отпуске получают компенсацию проезда к месту проведения отпуска, но это распространяется на действующих военнослужащих.
Военные пенсионеры такой компенсацией обычно не пользуются, если только это не предусмотрено льготой конкретного регионального закона или отдельной социальной программой для ветеранов.
2. Жена военного пенсионера

Компенсация проезда супруге возможна только в редких случаях по региональным программам или при санаторно-курортном лечении за счет средств государства. В федеральном порядке такой выплаты нет.
3. Санаторно-курортное лечение

Если санаторий работает по программе санаторно-курортного лечения для военных пенсионеров, то расходы на лечение и проезд могут быть компенсированы по конкретной путевке, но только на основании направления или путевки, выданной соответствующим учреждением.
Если вы оплачиваете самостоятельно платное лечение и отдых, государство дорогу к месту отдыха не компенсирует.
Вывод:

Если отпуск оплачивается за ваши средства и лечение платное – ж/д билеты к месту отдыха и обратно вы оплачиваете сами.
Возможность компенсации есть только при оформлении санаторно-курортной путевки через учреждения, работающие с военными пенсионерами.