Какая доля достанется главному квартиросъемщику - недееспособному?

дело в том, что если она муниципальная, то она не принадлежит нанимателю и членам его семьи на праве собственности и права на какие то доли они не имеют.

Тут может идти речь только о равном праве пользования (ст. 69 ЖК РФ)

 Члены семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма имеют равные с нанимателем права и обязанности

Если речь идет о приватизации, то если они все имеют право на приватизацию, то доли будут равными в силу закона «О приватизации жилищного фонда в Российской Федерации» от 04.07.1991 N 1541-1

Если они не достигнут иного соглашения между собой

В случае приватизации жилого помещения у недееспособного нанимателя доля будет равной долям других членов семьи. Увеличение его доли в связи с тем, что он наниматель и недееспособный, закон не предусматривает.

При этом права и обязанности что у нанимателя, что у членов семьи нанимателя остальных, кто прописан в квартире) совершенно равные

Согласно ч. 2 ст. 69 Жилищного кодекса РФ:

2. Члены семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма имеют равные с нанимателем права и обязанности. Дееспособные и ограниченные судом в дееспособности члены семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма несут солидарную с нанимателем ответственность по обязательствам, вытекающим из договора социального найма.

Единственная разница только в том, что те члены семьи, которые ещё не являются полностью дееспособными (например, несовершеннолетние), не несут обязанность по оплате жилищно-коммунальных услуг.

как распределятся доли между прописанными? Какая доля достанется главному квартиросъемщику — недееспособному?

 Если квартира будет приватизироваться, то доли всех членов семьи, которые примут участие в приватизации, а для несовершеннолетних приватизация обязательна, исключить их нельзя), предполагаются равными.

Это будет касаться и главного квартиросъемщика (правильнее называть — нанимателя).