Если это направление, то какие последствия могут быть если его проигнорировать?

Здравствуйте,  Сергей.

Орган миграционного учета не может выдать Вам повестку для явки в военкомат.

Это будет именно направление.

За неявку по направлению нет административной или уголовной ответственности.

Но, ответственность за неисполнение обязанности по воинскому учету на основании статьи 21.5 КоАП РФ все равно может наступить, поскольку Вы обязаны состоять на воинском учете, обязаны уведомлять военкомат об изменении данных воинского учета, о своем переезде.

Сергей, добрый вечер.

заявление в МВД приняли, но сказали при выдаче паспорта вручат направление в военкомат. Что это будет, повестка или просто направление?

 Органы внутренних дел при выявлении граждан, которые не состоят, но обязаны состоять на воинском учете обязаны об этом уведомить военкомат.

Данная обязанность закреплена за ними ст. 4 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе».

Наряду с этим согласно совместного приказа Министра обороны РФ N 366, МВД РФ N 789, ФМС РФ N 197 от 10.09.2007 «Об утверждении Инструкции об организации взаимодействия военных комиссариатов, органов внутренних дел и территориальных органов Федеральной миграционной службы в работе по обеспечению исполнения гражданами Российской Федерации воинской обязанности» органы МВД

в) при отсутствии в паспорте гражданина, не состоящего, но обязанного состоять на воинском учете, отметки об отношении к воинской обязанности и отсутствии в документах воинского учета (отсутствии возможности (или отказе) представить документы воинского учета) отметок соответствующих военных комиссариатов о приеме на воинский учет,вручают гражданину направление для постановки на воинский учет в военный комиссариат по месту его жительства (по месту пребывания на срок более трех месяцев) согласно приложению N 3 к настоящей Инструкции;

Такое направление вручает не военкомат, а МВД. 

Явка по нему формальноне влечет за собой последствий в виде административной ответственности по ч. 1 ст. 21.5 КОАП РФ.

Кроме того, МВД, как уже сказал уведомит военкомат, в том числе и выдаче Вам нового паспорта (сведения о нем подлежат включению в реестр военнообязанных).

Военкомат на основании полученных в отношении Вас сведений может осуществить Вашу постановку на воинский учет без Вашей личной явки и направить Вам повестку для уточнения данных воинского учета.

Вот при неявке по данной повестке — есть основания для ответственности по ч. 1 ст. 21.5 КоАП РФ.