Здравствуйте!
В вашей ситуации платить коммерческий утилизационный сбор повторно не требуется, если он уже был уплачен при ввозе автомобиля и это подтверждается документами. По российскому законодательству утилизационный сбор платится один раз при выпуске транспортного средства в обращение на территории РФ, и повторно он не начисляется только из-за того, что машина долго не стояла на учёте.
Коммерческий утильсбор применяется в основном к юридическим лицам или к случаям, когда автомобиль ввозится не для личного пользования. Если вы оформляли авто на себя как на физическое лицо и платили сбор именно как за личное пользование, то при постановке на учёт сейчас дополнительных платежей по утильсбору быть не должно.
Единственный момент — важно, чтобы у вас сохранились документы об оплате и в ПТС (или ЭПТС) была отметка об уплате сбора. Если этого нет, могут потребовать подтверждение или доначислить.
Ситуация у вас в целом нормальная, просто формальности немного затянулись — это не редкость.
С наилучшими пожеланиями, Хабас Феликсович.