Накладывается ли выговор на военнослужащего после гауптвахты?

Нет, автоматический выговор на полгода после отбытия гауптвахты законодательством не предусмотрен. Пребывание на гауптвахте (дисциплинарный арест) само по себе является отдельным, самым строгим видом взыскания за грубый проступок.
Как это регулируется:
Срок действия: Любые дисциплинарные взыскания (в том числе выговор) в соответствии с Дисциплинарным уставом ВС РФ действуют один год. Если за этот период военнослужащий не совершит новых нарушений, взыскание автоматически снимается.
Повторное наказание: Наложение нового взыскания поверх уже отбытого за тот же самый проступок незаконно. Однако командир может назначить выговор или строгий выговор за совершенно новый дисциплинарный проступок.
Сроки наложения: Любое новое взыскание должно быть применено в течение 10 дней с того момента, как командир узнал о проступке (не считая времени болезни или отпуска), и не позднее 1 года со дня его совершения.