Добрый день. Если вы работаете на территории РФ и оказываете услуги российским заказчикам, эти доходы признаются доходами от источников в РФ. В этом случае они подлежат налогообложению в России в полном объеме.
Регистрация ИП в Казахстане не освобождает вас от обязанности платить налоги в РФ с деятельности, фактически осуществляемой на территории России. Налоговые органы РФ при проверке будут исходить из того, где именно создается экономическая выгода.
Как резидент РФ, вы обязаны подавать налоговую декларацию (3-НДФЛ) в России, отражая в ней все доходы, полученные от вашего казахстанского ИП, и прикладывать документы, подтверждающие уплату налогов в Казахстане для осуществления зачета.
Таким образом, Вы не можете просто «выбрать» казахстанскую систему налогообложения для работы в России. Деятельность, осуществляемая на территории РФ, подлежит налогообложению в РФ. Казахстанское ИП будет платить налоги в Казахстане, а вы как резидент РФ будете обязаны отразить эти доходы в российской декларации и доплатить разницу в российский бюджет, если российская налоговая ставка выше.
Для получения точного расчета налоговой нагрузки в вашем конкретном случае рекомендую обратиться за консультацией в чат, так как квалификация ваших доходов (как предпринимательских или как доходов от работы по найму) существенно влияет на порядок их декларирования.
С уважением адвокат Чичигин Р.Н.