Так ли это и правомерен ли отказ?

Отказ администрации, скорее всего, неправомерен, но он основан на специфике законодательства в сфере водоснабжения. Давайте разберем ситуацию детально.

Администрация права в том, что передача муниципального имущества (трубы) в аренду регулируется строгими правилами, но она не права в категоричности отказа и в том, что не предложила альтернативный законный путь.

Почему администрация отказала?
В основе отказа лежит Федеральный закон № 416-ФЗ «О водоснабжении и водоотведении».

Статус объекта: Водопроводные сети и сооружения на них являются объектами централизованных систем холодного водоснабжения.
Субъекты: Согласно закону, деятельность по водоснабжению могут осуществлять только организации, имеющие статус ресурсоснабжающей организации (РСО). Это юридические лица, которые владеют сетями и эксплуатируют их.
Цель защиты: Законодательство стремится к тому, чтобы водоснабжение было бесперебойным, качественным и безопасным. Поэтому передавать сети в аренду «любому желающему» запрещено. Арендатор должен иметь технические возможности, персонал и лицензии (если требуется) для эксплуатации этих сетей.
Администрация, скорее всего, испугалась ответственности: если они сдадут трубу в аренду обычному фонду, а тот не сможет обеспечить нормальное давление или качество воды, отвечать (вплоть до уголовных дел при ЧП) будет администрация.

В чем ошибка администрации?
Ошибка администрации в том, что они не учли статус вашего Фонда и не предложили Концессионное соглашение.

Концессионное соглашение — это форма государственно-частного партнерства. В отличие от обычной аренды, оно позволяет передать муниципальное имущество (трубу) некоммерческой организации или малому бизнесу для создания или реконструкции объекта и его эксплуатации.

Именно концессия является законным способом решить вашу задачу.

Что делать жителям села (вашему Фонду)?
Вам нужно изменить тактику. Не просите «аренду», а предлагайте «Концессию».

Проверьте статус Фонда: Ваш Фонд должен быть зарегистрирован как некоммерческая организация (НКО). Это подходит под условия концессии. Если Фонд создан для решения социальных задач (а летний водопровод — это благоустройство), это ваш главный аргумент.
Подготовьте встречное предложение: Напишите официальное письмо на имя главы администрации района. В письме:

Укажите, что вы получили отказ в аренде.
Сошлитесь на то, что вы понимаете требования ФЗ-416 и необходимость статуса РСО для бесперебойной работы.
Предложите заключить Концессионное соглашение. Объясните, что ваша цель — не просто «сдавать воду», а организовать летний водопровод как социальный проект для жителей села.
Укажите, что Фонд готов взять на себя обязательства по эксплуатации трубы (пусть даже без цели извлечения прибыли).
Обоснование для администрации: Для администрации концессия с Фондом — это отличный выход:

Труба начнет официально эксплуатироваться (а не гнить без дела).
Ответственность за эксплуатацию формально переходит к концессионеру (вам).
Это не требует проведения сложных тендеров на аренду, которые могут выиграть «свои» коммерческие фирмы.
Важный нюанс: Если труба находится в очень плохом состоянии (ветхая), администрация может потребовать от вас сначала провести её ремонт/замену за счет средств Фонда. Это нормальная практика концессий: вы вкладываете в инфраструктуру, а взамен получаете право ею управлять.

Итог:
Отказ в аренде законен с точки зрения защиты интересов муниципалитета от недобросовестных арендаторов. Но отказ в рассмотрении вопроса о Концессии был бы неправомерным.

Вам нужно перевести диалог из плоскости «Аренда» в плоскость «Концессия». Это более сложный юридический процесс, но именно он дает законное право некоммерческой организации эксплуатировать муниципальные сети.