И после выезда делать регистрацию и остальные документы заново?

Здравствуйте, Анастасия!  Выезд и повторный въезд потребовцют  переоформления документов. Это невыгодно и дольше. Закон предусматривает возможность подать документы после 30 дней при условии оплаты административного штрафа

затем продолжу более подробно . 

обратимся к закону 

согласно п. 2 статьи 13.3 Федерального закона № 115-ФЗ:

«2. Для получения патента иностранный гражданин в течение тридцати календарных дней со дня въезда в Российскую Федерацию представляет в территориальный орган федерального органа исполнительной власти в сфере внутренних дел непосредственно либо через подведомственное предприятие или уполномоченную организацию»

согласно п. 7 ст. 13.3 Федерального закона № 115-ФЗ 

«по истечении тридцати календарных дней со дня въезда в Российскую Федерацию представляется документ, подтверждающий уплату административного штрафа за нарушение срока обращения за оформлением патента»

Также согласно 

Ст. 18. 20 КоАП РФ 

«Нарушение иностранным гражданином или лицом без гражданства срока обращения за выдачей патента, если такой срок установлен в соответствии с федеральным законом, — влечет наложение административного штрафа в размере от десяти тысяч до пятнадцати тысяч рублей»

Вы подаёте документы 9 июля, то есть с опозданием на 5 дней. Это нарушение, но не критичное. Закон даёт вам право подать документы и после 30 дней  просто нужно будет оплатить штраф. 

Выезжать из России не обязательно. Если вы останетесь и подадите документы с оплаченным штрафом всё будет в порядке. Если же вы решите выехать, то придётся заново проходить всю процедуру: получать миграционную карту, регистрацию, медосмотр и это дольше и сложнее….

Что вам нужно сделать

1. Спокойно дождитесь дубликата медицинского заключения 
2. Заранее уточните в МВД точную сумму штрафа и оплатите его до подачи документов. Квитанцию обязательно сохраните.
3. Проверьте, не истекает ли ваша регистрация ( это важныйнюанс) по месту пребывания до 9 июля. Если истекает продлите её через принимающую сторону
4. 9 июля соберите все документы и подайте их в МВД вместе с квитанцией об оплате штрафа

5 Приложите квитанцию об оплате штрафа и письменное объяснение причины просрочки (уожидание дубликата).  Рекомендую приложить письменное объяснение причин просрочки. Это может быть принято во внимание при рассмотрении вопроса
Самое важное  подать пакет документов в тот же день, когда вы получите дубликат медосвидетельствования