Здравствуйте. В целом оплата по договору может поступить не только от самого физического лица, но и от третьего лица, в том числе от юридического лица, если такая оплата производится за заказчика. Это допускается статьёй 313 ГК РФ: обязательство может быть исполнено третьим лицом, если из закона, договора или существа обязательства не следует, что оплатить должен лично сам должник.
Но здесь важно правильно оформить документы, чтобы потом не возникло вопросов, кто именно является заказчиком услуги, за кого произведена оплата и как этот платёж должен отражаться в налоговом учёте. Поэтому лучше не проводить такую оплату «просто так», а заранее зафиксировать, что юридическое лицо оплачивает услугу именно за физическое лицо по конкретному договору. Это можно сделать через условие в договоре, дополнительное соглашение либо отдельное письменное подтверждение от физического лица.
По налоговой части порядок зависит от того, в каком статусе Вы работаете: самозанятый, ИП, ООО, УСН, патент и т.д. От этого зависит, как правильно отражать поступление и какие документы формировать. Поэтому перед оплатой лучше посмотреть сам договор, Ваш налоговый статус и понять, кто фактически получает услугу — физическое лицо или организация. Могу проверить договор и подсказать безопасный вариант оформления оплаты, чтобы не было вопросов ни со стороны плательщика, ни со стороны налоговой.