Оба варианта получить в теории можно - снятие с очереди грозит только если выплата подпадает под п. 4 ч. 1 ст. 56 ЖК РФ как "бюджетные средства на приобретение жилья". А выплата от СУЭК - это не бюджетные деньги, а возмещение вреда от коммерческой организации, виновной в порче имущества (подработка недр). Формально это разные правоотношения: одно - гражданско-правовая ответственность причинителя вреда, второе - социальная поддержка от государства как малоимущим.
Но нюанс есть. Пока Вы состоите на учете, право сохраняется по ст. 55 ЖК РФ - до фактического получения жилья или появления оснований для снятия. Проблема в том, что администрация может попытаться трактовать полученную от СУЭК компенсацию как "решение жилищного вопроса" и снять с учета по утрате оснований (п. 2 ч. 1 ст. 56 ЖК РФ), особенно если на эти деньги Вы купите жильё, соответствующее норме предоставления на семью. Тут всё будет зависеть от формулировок в судебном решении/соглашении с СУЭК и от того, что Вы фактически сделаете с полученными деньгами.
Второй момент - сам механизм выкупа. Если суд обязывает СУЭК выплатить именно выкупную стоимость дома как ущерб, а не как выкуп по ст. 32 ЖК РФ (та норма для изъятия государством/муниципалитетом), то это принципиально разные основания получения денег, и совмещение с очередью на жильё юридически более защищено.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.