Положено ли пособие по беременности и родам, если декрет начался через 2 дня после окончания вуза?

Да, пособие по беременности и родам в такой ситуации положено. Я поясню, почему так: дело не в том, что вы только что закончили вуз, а в самом факте обучения. Если вы учились очно (неважно, на бюджете или платно), то право на выплату возникает именно в период обучения. Тот факт, что декрет начался буквально через пару дней после выпуска, никак не отменяет этого условия. 
Важное уточнение про правила: с 1 сентября 2025 года выплату для студенток ведёт Социальный фонд России (СФР), а размер считают от регионального прожиточного минимума трудоспособного населения (а не от стипендии, как было раньше). Поэтому имеет смысл подавать заявление именно в СФР — так вы получите выплату в повышенном размере.
Что нужно сделать для оформления:
Получить в медицинской организации справку, которая подтверждает период нетрудоспособности (тот самый больничный по беременности и родам). 
Взять в учебном заведении справку, подтверждающую, что вы обучались очно, и в ней должен быть указан срок этого самого отпуска по беременности и родам. 
Подать заявление — через «Госуслуги», в клиентской службе СФР или в МФЦ. 
Убедиться, что вы не получали такое пособие ранее (фонд проверит по своим базам). 
И ещё один практический момент: чтобы СФР назначил выплату, важно обратиться за ней не позднее шести месяцев со дня окончания отпуска по беременности и родам.
Так что смело собирайте документы и подавайте — короткий промежуток после выпуска на само право не влияет.