Можно ли выписать из муниципального жилья без согласия?

Без вашего согласия сестра не может просто «выписать» вас через МФЦ или паспортный стол. Если вы сами заявление не подадите, снять вас с регистрационного учёта можно только на основании вступившего в силу решения суда.

Сестре придётся требовать признать вас утратившей право пользования муниципальной квартирой. Для этого недостаточно ссылаться на конфликт, длительное отсутствие или неоплату коммунальных услуг. Она должна доказать, что вы добровольно и постоянно выехали в другое место жительства, вам не препятствовали пользоваться квартирой, а своим поведением вы фактически отказались от прав и обязанностей по договору социального найма. 

Суд будет проверять:

Живёте ли вы в квартире либо почему временно отсутствуете.
Остались ли там ваши вещи.
Есть ли у вас ключи и не препятствует ли сестра вашему проживанию.
Оплачиваете ли вы жильё и коммунальные услуги.
Пытались ли вы вернуться или вселиться.
Где вы фактически проживаете сейчас.
Наличие другого жилья учитывается, но само по себе не означает автоматической утраты права. Равным образом временное проживание в другом месте не лишает вас прав по договору социального найма. 

Если сестра уже не пускает вас в квартиру, письменно потребуйте передать ключи и не чинить препятствий, сохраните переписку, документы об оплате и доказательства нахождения ваших вещей в квартире. При подаче иска нужно заявлять возражения, а при необходимости — встречные требования о вселении и устранении препятствий в пользовании жильём.

Определяющая переменная здесь — вы действительно окончательно выехали из квартиры по своей воле либо отсутствуете временно или из-за конфликта с сестрой. Именно от этого будет зависеть перспектива её иска.

Вы сейчас фактически живёте в этой квартире, а если нет — когда и по какой причине выехали?