Является ли наличие долга в ПФР основанием для отказа налоговой регистрации прекращения предпринимательской деятельности?

В соответствии со ст. 22.3 ФЗ № 129-ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей»:
при государственной регистрации прекращения физическим лицом деятельности в качестве ИП в связи с принятием им решения о прекращении данной деятельности в регистрирующий орган представляется документ, подтверждающий представление в территориальный орган ПФ РФ сведений в соответствии с пп. 1 — 8 п. 2 ст. 6 и п. 2 ст. 11 ФЗ О персонифицированном учете.
В случае наличия у регистрирующего органа сведений о невыполнении требований, предусмотренных вышеуказанной статьей Закона, на основании п. 1 ст. 23 ФЗ № 129 допускается отказ в государственной регистрации.

нет. наличие долга не основание для отказа в прекращении деятельности. 

всё что Вам нужно предоставить это заявление о прекращении и квитанция об уплате госпошлины и отказать Вам не имеют права. все остальные документы налоговая может запросить сама.

Государственная регистрация при прекращении физическим лицом деятельности в качестве индивидуального предпринимателя в связи с
принятием им решения о прекращении данной деятельности осуществляется на основании представляемых в регистрирующий орган следующих документов:

а) подписанного заявителем заявления о государственной
регистрации по форме, утвержденной уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти;

б) документа об уплате государственной пошлины;

в) документ, подтверждающий представление в территориальный орган Пенсионного фонда Российской Федерации сведений в соответствии с подпунктами 1 — 8 пункта 2 статьи 6 и пунктом 2 статьи 11 Федерального закона «Об индивидуальном (персонифицированном) учете в системе обязательного пенсионного страхования» и в соответствии с частью 4 статьи 9 Федерального
закона «О дополнительных страховых взносах на накопительную часть трудовой пенсии и государственной поддержке формирования пенсионных накоплений». В случае, если предусмотренный настоящим
подпунктом документ не представлен заявителем, указанный документ (содержащиеся
в нем сведения) предоставляется по межведомственному запросу регистрирующего
органа соответствующим территориальным органом Пенсионного фонда Российской
Федерации в электронной форме в порядке и сроки, которые установлены
Правительством Российской Федерации. 

ст. 22.3, Федеральный закон от 08.08.2001 N 129-ФЗ (ред. от 21.07.2014) «О
государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных
предпринимателей»

а коллеге советую читать статьи закона до конца и более внимательно!!!