Здравствуйте, Сергей.
Вполне возможно, что генеральный директор мог заключать сделки «на стороне», тем более, что он был и главбухом, и как такового, контроля над ним не было. Если сделки не являлись крупными с точки зрения законодательства, то заключать договоры директор мог без согласования с вами. Я бы рекомендовала для своего спокойствия организовать аудиторскую проверку компании, убедиться, что с бухгалтерией всё чисто, и только после этого смещать директора, т.к. на данный момент ответственным за те сделки, и за те долги, которые от этих сделок образовались, является ваш генеральный директор.
Теперь по созданию нового общества. Учитывая, что прибыль маленькая, и если вам не принципиально, оставить это ООО или создать новое, я бы предложила это ООО продать генеральному директору, а себе открыть новое. Вариантов много. Если у вас появятся дополнительные вопросы можете обращаться ко мне в чат.
С уважением, Комарова Оксана.