Здравствуйте!
Да, ведь просрочка-то не прекратилась, все также тянется. Ее можно взыскивать вплоть полного исполнения застройщиком обязанности по передаче квартиры по акту приемки-передачи участнику.
В соответствие с п. 2 ст. 6 закона «О долевом строительстве многоквартирных домов и иных объектов недвижимости и о внесении изменений в некоторые законодательные акты Российской Федерации»
2. В случае нарушения предусмотренного договором срока передачи участнику долевого строительства объекта долевого строительства застройщик уплачивает участнику долевого строительства неустойку (пени) в размере одной трехсотой ставки рефинансирования Центрального банка Российской Федерации, действующей на день исполнения обязательства, от цены договора за каждый день просрочки. Если участником долевого строительства является гражданин, предусмотренная настоящей частью неустойка (пени) уплачивается застройщиком в двойном размере.
Иск можете подавать в любое время: хоть сейчас, хоть сразу после акта. Если сейчас, то взыщут то, что натекло к моменту вынесения решения. Потом еще взыщете.
Допсоглашение Вам не нужно. И претензии этим законом не предусмотрены. Можно обращаться в суд и так, хотя возможно застройщик и удовлетворит без суда Ваше требование.