Есть официальная процедура ликвидации фирмы по ГК РФ- занимает порядка 3-4 месяцев. После этого фирма будет исключена из реестра навсегда.
Сейчас также популярны продажи долей, а также реорганизации (слияние, присоединение) — это быстрее, вы просто перестанете быть участником, но фирма продолжает существовать. Поэтому если к ней будут какие-то претензии госорганов, то они могут обратиться к вам, как минимум, за разъяснениями.
Кроме того, сейчас есть процедура исключения из реестра фирм, которые за 12 месяцев не осуществляли движения по счетам и не сдавали отчетность. Но в этом случае штрафы за отчетность будут поступать по-прежнему, а руки до такого исключения у налоговой доходят не сразу.
Вообщем если нет существенных недоимок и долгов, то логичней ликвидироваться по ГК РФ (обратитесь в соответствующие юрфирмы), чтобы решить вопрос окончательно.