Я считаю, что если у вас в договоре нет указания на то, что все счета, выставленные после заключения договора регулируются положениями данного договора, то при возникновении проблем другая сторона может ссылаться, что эта поставка по данному счету не входила в предмет регулирования данного договора.
Для себя у меня в договоре есть специальная формулировка следующего содержания:
Поставщик обязуется передать в собственность Покупателя
товар производственно-технического назначения далее «ТОВАР» в количестве, сортаменте,
в соответствии с Заявкой Покупателя либо дополнительной спецификацией, либо
счётом от Поставщика (любая согласованная Заявка, спецификация, либо Счёт
являются неотъемлемой частью настоящего Договора поставки товара), а Покупатель
обязуется принимать указанный Товар и производить его оплату на условиях
настоящего Договора поставки.