Денис, здравствуйте.
В соответствии с пунктом 7 Положения о паспорте гражданина РФ Военнослужащим, проходящим военную службу по призыву, паспорта выдаются или заменяются по окончании установленного срока военной службы по призыву.
В этой норме не сказано, что замена должна производиться именно по месту службы. Поэтому пусть сын подаёт заявление и другие документы о замене паспорта по месту его регистрации, которая указана в прежнем паспорте.
Что касается штрафа, то его наложение можно оспорить в районном суде по месту жительства, обосновав незаконность наложения указанной нормой.
Сергей Игоревич.