Правомерно ли начальник применил выговор и лишил премии за прогул?

Здравствуйте!

Согласно ст. 189 Трудового кодекса РФ,

Статья 189. Дисциплина труда и трудовой распорядок
Дисциплина труда — обязательное для всех работников подчинение правилам поведения, определенным в соответствии с настоящим Кодексом, иными федеральными законами, коллективным договором, соглашениями, локальными нормативными актами, трудовым договором.
Работодатель обязан в соответствии с трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права, коллективным договором, соглашениями, локальными нормативными актами, трудовым договором создавать условия, необходимые для соблюдения работниками дисциплины труда.
Трудовой распорядок определяется правилами внутреннего трудового распорядка.

Прогул является нарушением дисциплины труда и правил внутреннего трудового распорядка.

Полагаю, что в Вашем случае необходимо было дождаться одобрения отгула начальником, а не мастером, поскольку, по всей видимости, у мастера нет полномочий принимать такие решения.