Что делать,если командир батальона не подписывает рапорт об увольнении?

Здравствуйте, Павел!

Можете попробовать зарегистрироваться в качестве индивидуального предпринимателя

Статья 51. Основания увольнения с военной службы
[Закон «О воинской обязанности и военной службе»] [Статья 51]

1. Военнослужащий подлежит увольнению с военной службы:
а) по возрасту — по достижении предельного возраста пребывания на военной службе;
б) по истечении срока военной службы по призыву или срока контракта;
в) по состоянию здоровья — в связи с признанием его военно-врачебной комиссией не годным к военной службе;
г) по состоянию здоровья — в связи с признанием военно-врачебной комиссией ограниченно годным к военной службе военнослужащего, проходящего военную службу по контракту на воинской должности, для которой штатом предусмотрено воинское звание до старшины или главного корабельного старшины включительно, или проходящего военную службу по призыву;
д) в связи с лишением его воинского звания;
д.1) в связи с утратой доверия к военнослужащему со стороны должностного лица, имеющего право принимать решение о его увольнении, в случае:
непринятия военнослужащим мер по предотвращению и (или) урегулированию конфликта интересов, стороной которого он является;
непредставления военнослужащим сведений о своих доходах, расходах, об имуществе и обязательствах имущественного характера, а также о доходах, расходах, об имуществе и обязательствах имущественного характера своих супруги (супруга) и несовершеннолетних детей либо представления заведомо недостоверных или неполных сведений;
участия военнослужащего на платной основе в деятельности органа управления коммерческой организации, за исключением случаев, установленных федеральным законом;
осуществления военнослужащим предпринимательской деятельности;

Вас тогда немедленно обязаны уволить.