Как подать в суд, если ответчик отказывается возвращать неустойку по договору?

Добрый день! Помогите, пожалуйста, разобраться очень нужно.

15 января 1999 г. авиационные предприятия «Меркурий» и «Сатурн» заключили договор о совместной деятельности по совместным авиаперевозкам. 15 января 2002 года договор был расторгнут. При расторжении договора стороны , в соответствии с имевшейся договоренностью, произвели взаиморасчет по принятым обязательствам, в результате чего выявилась задолженность предприятия «Сатурн» предприятию « Меркурий» в размере 21 млн. руб.

12 января 2002 г. предприятие «Меркурий» обратилось арбитражный суд о взыскании с авиационного предприятия «Сатурн» суммы долга и предусмотренной договором неустойки. Возражая против исковых требований, ответчик просил применить исковую давность.

Суд иск удовлетворил , учитывая наличие у ответчика задолженности перед истцом. Заявление ответчика о применении исковой давности не было принято во внимание , поскольку с момента расторжения договора не прошло трех лет.

Обоснованно ли решение суда?

Какой вопрос, имеющий значение для вынесения решения, не был исследован в суде?

Какой срок – общий или специальный следует применить в этом случае?