Работодатель не выплачивает деньги работникам после окончания ТД, как поступить?

Здравствуйте. Подавать в суд по месту нахождения филиала, а если филиал ликвидирован, то по месту головной организации.

Но у Вас 3 мес. со дня увольнения или когда узнали, что Вам что то должны еще выплатить.

Статья 391. Рассмотрение индивидуальных трудовых споров в судах

В судах рассматриваются индивидуальные трудовые споры по заявлениям работника, работодателя или профессионального союза, защищающего интересы работника, когда они не согласны с решением комиссии по трудовым спорам либо когда работник обращается в суд, минуя комиссию по трудовым спорам, а также по заявлению прокурора, если решение комиссии по трудовым спорам не соответствует трудовому законодательству и иным актам, содержащим нормы трудового права.
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
Непосредственно в судах рассматриваются индивидуальные трудовые споры по заявлениям:
работника — о восстановлении на работе независимо от оснований прекращения трудового договора, об изменении даты и формулировки причины увольнения, о переводе на другую работу, об оплате за время вынужденного прогула либо о выплате разницы в заработной плате за время выполнения нижеоплачиваемой работы, о неправомерных действиях (бездействии) работодателя при обработке и защите персональных данных работника;
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
работодателя — о возмещении работником ущерба, причиненного работодателю, если иное не предусмотрено федеральными законами.
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
Непосредственно в судах рассматриваются также индивидуальные трудовые споры:
об отказе в приеме на работу;
лиц, работающих по трудовому договору у работодателей — физических лиц, не являющихся индивидуальными предпринимателями, и работников религиозных организаций;
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
лиц, считающих, что они подверглись дискриминации.

Статья 392. Сроки обращения в суд за разрешением индивидуального трудового спора

Работник имеет право обратиться в суд за разрешением индивидуального трудового спора в течение трех месяцев со дня, когда он узнал или должен был узнать о нарушении своего права, а по спорам об увольнении — в течение одного месяца со дня вручения ему копии приказа об увольнении либо со дня выдачи трудовой книжки.
Работодатель имеет право обратиться в суд по спорам о возмещении работником ущерба, причиненного работодателю, в течение одного года со дня обнаружения причиненного ущерба.
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
При пропуске по уважительным причинам сроков, установленных частями первой и второй настоящей статьи, они могут быть восстановлены судом.