Законно ли налоговая считает недоимку по розничной торговле не по ЕНВД, а по УСН?

Добрый день! Да, законно. К ЕНВД может относиться розничная торговля, если площадь торгового зала не превышает 150 кв. м.

Статья 346.26

2. Система налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности (далее в настоящей главе — единый налог) может применяться по решениям представительных органов муниципальных районов, городских округов, законодательных (представительных) органов государственной власти городов федерального значения Москвы, Санкт-Петербурга и Севастополя в отношении следующих видов предпринимательской деятельности:
6) розничной торговли, осуществляемой через магазины и павильоны с площадью торгового зала не более 150 квадратных метров по каждому объекту организации торговли. Для целей настоящей главы розничная торговля, осуществляемая через магазины и павильоны с площадью торгового зала более 150 квадратных метров по каждому объекту организации торговли, признается видом предпринимательской деятельности, в отношении которого единый налог не применяется;