Ну, во-первых, главный инженер не является руководителем филиала. Сами по себе филиалы не являются юридическими лицами, а их руководство назначается специально назначенным лицом, который должен действовать строго в соответствии с предоставленными ему доверенностью полномочиями.
Статья 55. Представительства и филиалы юридического лица
(в ред. Федерального закона от 05.05.2014 N 99-ФЗ)
Позиции высших судов по ст. 55 ГК РФ >>>
1. Представительством является обособленное подразделение
юридического лица, расположенное вне места его нахождения, которое представляет
интересы юридического лица и осуществляет их защиту.
2. Филиалом является обособленное подразделение юридического лица, расположенное вне места его нахождения и осуществляющее все
его функции или их часть, в том числе функции представительства.
3. Представительства и филиалы не являются юридическими
лицами. Они наделяются имуществом создавшим их юридическим лицом и действуют на основании утвержденных им положений.
Руководители представительств и филиалов назначаются юридическим лицом и действуют на основании его доверенности.
Представительства и филиалы должны быть указаны в едином
государственном реестре юридических лиц.
ст. 55, «Гражданский кодекс Российской Федерации (часть первая)» от
30.11.1994 N 51-ФЗ (ред. от 31.01.2016) {КонсультантПлюс}
Руководитель филиала и главный инженер — это нет однозначные лица. Главный инженер не может издавать приказы. Их может издавать только руководитель.
Непредставление предложения не является нарушением трудовой дисциплины, поэтому за него не может последовать тех последствий, о которых Вы пишете. И решение данных вопросов не входит в компетенцию главного инженера.
