Как работодатель может "насолить" на отработке 2 недель?

Уважаемые специалисты! В очередной раз обращаюсь к вам с помощью.

Я руковожу строительством различных объектов в России, главный офис компании в которой я работаю находится в Москве, в подчинении находится несколько инженеров и рабочий состав. В мои обязанности по мимо основных задач входило подача табелей рабочего персонала в главный офис. Сами табеля составляли инженера под присмотром которых проходил весь строительный процесс. Далее согласно табелей рабочим начислялась ЗП на банковские карточки. В 2015 компания полностью перешла на серую схему зарплат и начали в конце каждого месяца привозить наличные с реестром к нам на проект, и передавали мне все наличные по расписке. Я соответственно выдавал под роспись рабочим.

В феврале месяце этого года я совершенно случайно узнал что насчет меня проводиться служебная проверка. Как я понял сотрудники безопасности нашли "мертвых душ" на нашем проекте, что и для меня было сюрпризом. Проблема в том что большая часть работающих со мной инженеров уже уволилась, а я боюсь что теперь руководство компании сделает меня крайним. Мои ответы на их допросы и несколько объяснительных их не убедило. В данный момент мне перестали выплачивать серую часть зп уже с марта под предлогом служебной проверки. Мои нервы сдали и я написал и отправил почтой с уведомлением и описью заявление на увольнение, работодатель его получил а я в данное время на 2 недельной отработке. Я чувствую, что помимо того что меня "кинут" на серую ЗП, служба безопасности захочет мне эти две недели превратить в "ад" очередными допросам и разбирательствами а может даже попытаются что-то предъявить. Нужен ваш совет, как мне лучше и юридически грамотней поступить дожидаясь конца отработки? У работодателя есть возможность как то "насолить" сотруднику на отработке? Пойдет ли работодатель с результатами служебного разбирательства в суд, когда речь идет о серых зарплатах?

Заранее спасибо огромное за любой совет!