Отгул высчитывается из отпуска. Как быть?

Здравствуйте! Если Вы не писали заявление, что брали дни в счет отпуска, тогда это незаконно.

ТК РФ, Статья 122. Порядок предоставления ежегодных оплачиваемых отпусков

Путеводитель по кадровым вопросам. Вопросы применения ст. 122 ТК РФ

Оплачиваемый отпуск должен предоставляться работнику ежегодно.
Право на использование отпуска за первый год работы возникает у работника по истечении шести месяцев его непрерывной работы у данного работодателя. По соглашению сторон оплачиваемый отпуск работнику может быть предоставлен и до истечения шести месяцев.
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

До истечения шести месяцев непрерывной работы оплачиваемый отпуск по заявлению работника должен быть предоставлен:
женщинам — перед отпуском по беременности и родам или непосредственно после него;
работникам в возрасте до восемнадцати лет;
работникам, усыновившим ребенка (детей) в возрасте до трех месяцев;
в других случаях, предусмотренных федеральнымизаконами.
Отпуск за второй и последующие годы работы может предоставляться в любое время рабочего года в соответствии с очередностью предоставления ежегодных оплачиваемых отпусков, установленной у данного работодателя.
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)