Как обжаловать требование оплаты НДС, если при оформлении ИП не было подано заявление о применении УСН?

Мария, добрый вечер! Думаю, что обжаловать вряд ли получится. Если вы не подали уведомление о переходе на УСН, то обязаны сдавать декларации по НДС. Сдайте за 2 и 3 кв. уточненные декларации. Учтите НДС к вычету если были входные счета-фактуры по расходам по этим периодам — на коммунальные услуги и т. д. Сначала оплатите налог и пени.

Добрый вечер! Что именно вы хотите обжаловать?

Если при регистрации ИП вы не подавали уведомление о переходе на УСН по форме 26.2-1, то автоматически находитесь на ОСНО с обязанностью уплаты НДС и НДФЛ.

Я предоставил нулевые декларации за 1, 2, 3 квартал по НДС
Мария

Каким образом вы декларации сдавали в налоговую?

А не получится представить тот факт, что совершалась оплата налога по УСН как уведомление Налогового органа об использовании УСН (Читал прецеденты о том, что ИП не подавали в сроки заявления, но предоставление декларации суды сочли за уведомление налогового органа о применении УСН)
Мария

Мария, была такая судебная практика, но до внесения изменений в ст. 346.12 НК РФ

3. Не вправе применять упрощенную систему налогообложения:
19) организации и индивидуальные предприниматели, не уведомившие о переходе на упрощенную систему налогообложения в сроки, установленные пунктами 1 и 2 статьи 346.13 настоящего Кодекса;
(пп. 19 введен Федеральным законом от 25.06.2012 N 94-ФЗ)

Что касается НДС, то обжаловать начисление НДС при ОСНО смысла нет.

Можно было бы применить ст.145 НК РФ, даже за предыдущий период, если выручка за 3 месяца менее 2 млн.руб.

Статья 145. Освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика
1. Организации и индивидуальные предприниматели имеют право на освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога (далее в настоящей статье — освобождение), если за три предшествующих последовательных календарных месяца сумма выручки от реализации товаров (работ, услуг) этих организаций или индивидуальных предпринимателей без учета налога не превысила в совокупности два миллиона рублей.

С учетом того, что НДС Вам уже начислен и декларации Вы подавали, то, если решите использовать этот вариант, придется доказывать право на освобождение от НДС в судебном порядке.