Здравствуйте, Наталья.
Конечно, вам следовало проконсультироваться до того, как вы дали согласие выполнять работу за другого работника. В такой ситуации, чтобы получить все полагающиеся надбавки, нужно было заключить трудовой договор по совместительству на время отсутствия основного работника.
Вам же, скорее всего, произвели доплату за совмещение (что неправильно) либо просто оплатили переработанные часы по одинарной часовой ставке (что тоже не верно, если у вас учетный период — месяц и суммированный учет рабочего времени).
На мой взгляд должны были либо сверхурочные оплатить (первые два часа в полуторном, остальные — в двойном размере), либо вообще за работу в выходные дни (в двойном размере), если вы выходили на работу в свои выходные дни.
Но надо конкретно смотреть ваши трудовой договор, расчетные листки и локальные нормативные акты организации, возможно, что оплата сверхурочных у вашего работодателя рассчитывается из часовой тарифной ставки (части оклада за час работы), а у вас оклад маленький, поэтому и доплата мизерная.