Какую зарплату мне должны платить - зам директора или генерального директора?

Здравствуйте, Алена.

сейчас я временно и.о., тк директор на больничном. Совет директоров выбрал меня исполняющим обязанности генерального директора, тк директор не выходит с больничного.

Алена

формулировки, конечно, не соответствуют закону, но по факту усматривается временный перевод на другую работу с согласия работника

По соглашению сторон, заключаемому в письменной форме, работник может быть временно переведен на другую работу у того же работодателя на срок до одного года, а в случае, когда такой перевод осуществляется для замещения временно отсутствующего работника, за которым в соответствии с законом сохраняется место работы, — до выхода этого работника на работу.
ст. 72.2, «Трудовой кодекс Российской Федерации» от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 01.07.2017) {КонсультантПлюс}

А при переводе на другую должность, естественно, что оплата должна производится по выполняемой работе.