Работаю в компании специалистом и числюсь генеральным директором в другой компании

Здравствуйте. я советую вам просто заключить трудовой договор генеральным директором по совместительству и всё.Поскольку с генеральным директором лучше всего иметь трудовой договор. Тогда все будет отлично.

ТК РФ Статья 275. Заключение трудового договора с руководителем организации

Путеводитель по кадровым вопросам. Вопросы применения ст. 275 ТК РФ

 
В случае, когда в соответствии с частью второй статьи 59 настоящего Кодекса с руководителем организации заключается срочный трудовой договор, срок действия этого трудового договора определяется учредительными документами организации или соглашением сторон.
(часть первая в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

Трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права, или учредительными документами организации могут быть установлены процедуры, предшествующие заключению трудового договора с руководителем организации (проведение конкурса, избрание или назначение на должность и другое).
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

ТК РФ Статья 60.1. Работа по совместительству
(введена Федеральным законом от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
Путеводитель по кадровым вопросам. Вопросы применения ст. 60.1 ТК РФ
 
Работник имеет право заключать трудовые договоры о выполнении в свободное от основной работы время другой регулярной оплачиваемой работы у того же работодателя (внутреннее совместительство) и (или) у другого работодателя (внешнее совместительство).
Особенности регулирования труда лиц, работающих по совместительству, определяются главой 44 настоящего Кодекса.
 

Здравствуйте, Ислам.

Основной является работа, где хранится ваша трудовая книжка и запись о том что

1.4 Работа по настоящему договору является основной.

Ислам

это подтверждает.

Ваша работа генеральным директором в данном случае должна быть оформлена как работа по совместительству.

Работник имеет право заключать трудовые договоры о выполнении в свободное от основной работы время другой регулярной оплачиваемой работы у того же работодателя (внутреннее совместительство) и (или) у другого работодателя (внешнее совместительство).
Особенности регулирования труда лиц, работающих по совместительству, определяются главой 44 настоящего Кодекса.
ст. 60.1, «Трудовой кодекс Российской Федерации» от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 29.07.2017) {КонсультантПлюс}

Здравствуйте, Ислам!

но в то же время числюсь генеральным директором в компании ООО без записи в трудовой книжке.

Ислам

Работа генеральным директором во второй компании является для вас совместительством, так как работа в первой компании является основной.

Статья 282. Общие положения о работе по совместительству

 
Совместительство — выполнение работником другой регулярной оплачиваемой работы на условиях трудового договора в свободное от основной работы время.
Заключение трудовых договоров о работе по совместительству допускается с неограниченным числом работодателей, если иное не предусмотрено федеральным законом.
Работа по совместительству может выполняться работником как по месту его основной работы, так и у других работодателей.
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

В трудовом договоре обязательно указание на то, что работа является совместительством.
Не допускается работа по совместительству лиц в возрасте до восемнадцати лет, на работах с вредными и (или) опасными условиями труда, если основная работа связана с такими же условиями, а также в других случаях, предусмотренных настоящим Кодексом и иными федеральными законами.
(в ред. Федеральных законов от 30.06.2006 N 90-ФЗ, от 28.12.2013 N 421-ФЗ, от 02.04.2014 N 55-ФЗ)

Особенности регулирования работы по совместительству для отдельных категорий работников (педагогических, медицинских и фармацевтических работников, работников культуры) помимо особенностей, установленных настоящим Кодексом и иными федеральными законами, могут устанавливаться в порядке, определяемом Правительством Российской Федерации, с учетом мнения Российской трехсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений.
(часть шестая в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

При этом, запись в трудовую книжку о работе по совместительству, в вашем случае работа в качестве генерального директора, осуществляется по Вашему желанию. То есть нарушений, если записи в книжке о совместительстве отсутствует нет. Если вы хотите, что была в трудовой книжке запись, что вы работаете по совместительству в качестве генерального директора, обратитесь в организацию по вашему основному месту работы, с требованием внести запись, при этом вам нужно будет предоставить решение о назначении  генеральным директором, и приказ о вступлении в должность генерального директора.

Постановление Минтруда России от 10.10.2003 N 69
(ред. от 31.10.2016)
«Об утверждении Инструкции по заполнению трудовых книжек»
(Зарегистрировано в Минюсте России 11.11.2003 N 5219)

По желанию работника запись в трудовую книжку сведений о работе по совместительству производится по месту основной работы на основании документа, подтверждающего работу по совместительству. В графе 1 раздела «Сведения о работе» трудовой книжки ставится порядковый номер записи, в графе 2 указывается дата приема на работу в качестве совместителя, в графе 3 делается запись о принятии или назначении в качестве совместителя в структурное подразделение организации с указанием его конкретного наименования (если условие о работе в конкретном структурном подразделении включено в трудовой договор в качестве существенного), наименования должности, специальности, профессии с указанием квалификации, в графе 4 указывается наименование документа, на основании которого внесена запись, со ссылкой на его дату и номер. В таком же порядке производится запись об увольнении с этой работы.

Добрый день, Ислам.

Да, вы вполне можете работать ген. директором по совместительству. Запись в трудовой при этом не является обязательной. А вот трудовой договор может быть с указанием, что работа по совместительству. И в договоре должно быть прописано время работы:

ТК РФ Статья 284. Продолжительность рабочего времени при работе по совместительству

Продолжительность рабочего времени при работе по совместительству не должна превышать четырех часов в день. В дни, когда по основному месту работы работник свободен от исполнения трудовых обязанностей, он может работать по совместительству полный рабочий день (смену). В течение одного месяца (другого учетного периода) продолжительность рабочего времени при работе по совместительству не должна превышать половины месячной нормы рабочего времени (нормы рабочего времени за другой учетный период), установленной для соответствующей категории работников.
Ограничения продолжительности рабочего времени при работе по совместительству, установленные частью первой настоящей статьи, не применяются в случаях, когда по основному месту работы работник приостановил работу в соответствии с частью второй статьи 142 настоящего Кодекса или отстранен от работы в соответствии с частями второй или четвертой статьи 73 настоящего Кодекса.
 

В противном случае это уже не будет считаться совместительством.