Здравствуйте!
Согласно п. 3 ст. 217 НК РФ освобождаются от НДФЛ все виды установленных действующим законодательством РФ, законодательными актами субъектов РФ, решениями представительных органов местного самоуправления компенсационных выплат (в пределах норм, установленных в соответствии с законодательством РФ), связанных, в частности, с исполнением налогоплательщиком трудовых обязанностей (включая возмещение командировочных расходов).
При оплате работодателем налогоплательщику расходов на командировки как внутри страны, так и за ее пределы вдоход, подлежащий налогообложению, не включаются фактически произведенные и документально подтвержденные целевые расходы на проезд до места назначения и обратно.
Вы написали, что отчитались. Это значит, что документально подтвердили расходы?
Согласно Письму Минфина России от 18.12.2017 N 03-03-РЗ/84409 в случае если авиабилет приобретен в бездокументарной форме (электронный билет), документальным подтверждением указанных расходов являются маршрут/квитанция электронного документа (авиабилета) и посадочный талон.
Если расходы не были документально подтверждены, то у Вас возникает экономическая выгода. Поэтому мог быть исчислен НДФЛ.
Также еще одним основанием может быть несовпадение даты возвращения из командировки с датой командировки (когда Вы в месте командирования дольше находитесь).
В Письме Минфина России от 21 марта 2017 г. N 03-04-06/16282 указано:
Если срок пребывания в месте командирования значительно превышает срок, установленный приказом о командировании (например, в случае, если сразу после окончания командировки работнику предоставляется отпуск, который он проводит в месте командирования), имеет место получение работником экономической выгоды, предусмотренной статьей 41 Кодекса, в виде оплаты организацией проезда от места проведения свободного от работы времени до места работы.В этом случае оплата организацией за сотрудника обратного билета со сроком приезда позднее окончания срока командировки, обозначенного в приказе о командировании, в соответствии с подпунктом 1 пункта 2 статьи 211 Кодекса, признается его доходом, полученным в натуральной форме. Стоимость указанного билета подлежит обложению НДФЛ в полном объеме в соответствии с положениями статьи 211 Кодекса.
Если же, например, работник остается в месте командирования, используя выходные или нерабочие праздничные дни, оплата организацией проезда от места проведения свободного от работы времени до места работыне приведет к возникновению у него экономической выгоды.