Добрый день!
Никаких исключений нет, есть 2 вычета:
1) стандартный 1 000 000 руб. (т.е. продаете квартиру допустим за 2 млн, вычитаете 1 млн и платите налог только с остатка) согласно подп.1.п.1 ст. 220 НК РФ
2) второй вычет при покупке новой квартиры на сумму до 2 000 000 руб. на человека согласно подп 3 п.1. ст. 220 НК РФ.
Если сделки по продаже и покупке квартиры будут в ОДНОМ И ТОМ ЖЕ ГОДУ (!) вы сможете использовать сразу оба налоговых вычета. При этом новая квартира должна быть куплена ПОЗЖЕ чем продажа старая и Вы должны иметь право на вычет для покупателей недвижимости.
Тогда Ваш доход облагаемый налогом можно условно рассчитать по формуле:
Доход от продажи кв. — Первый налоговый вычет (не более 1 000 000 руб.) — Второй налоговый вычет для покупателей новой кв. (не более 2 000 000 ) = Сумма дохода облагаемая налогом.