Что делать, если не выплачивают зарплату при вахтовом методе работы?

Если Вам задерживают заработную плату более 15 дней, вы можете написать заявление о приостановке трудовой деятельности, до полного погашения задолженности, заявление отдается руководителю под  роспись. При этом весь период приостановки оплачивается из расчета средней заработной платы. ст. 142 ТК РФ

Также рекомендую Вам обратится в Прокуратуру.  

УК РФ Статья 145.1. Невыплата заработной платы, пенсий, стипендий, пособий и иных выплат

Полная невыплата свыше двух месяцев заработной платы, пенсий, стипендий, пособий и иных установленных законом выплат или выплата заработной платы свыше двух месяцев в размере ниже установленного федеральным законом минимального размера оплаты труда, совершенные из корыстной или иной личной заинтересованности руководителем организации, работодателем — физическим лицом, руководителем филиала, представительства или иного обособленного структурного подразделения организации, — наказывается штрафом в размере от ста тысяч до пятисот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до трех лет, либо принудительными работами на срок до трех лет с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до трех лет или без такового, либо лишением свободы на срок до трех лет с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до трех лет или без такового.