Здравствуйте, Ирина!
Инвентаризация должна проводится обязательно и с вашим участием, так, согласно ст. 247 ТК РФ
до принятия решения о возмещении ущерба конкретными работниками работодатель обязан провести проверку для установления размера причиненного ущерба и причин его возникновения. Для проведения такой проверки работодатель имеет право создать комиссию с участием соответствующих специалистов.
Истребование от работника письменного объяснения для установления причины возникновения ущерба является обязательным. В случае отказа или уклонения работника от предоставления указанного объяснения составляется соответствующий акт.
Работник и (или) его представитель имеют право знакомиться со всеми материалами проверки и обжаловать их в порядке, установленном настоящим Кодексом.
И вообще, посмотрите главу 39 ТК РФ, там много других особенностей, например, наличие правильно оформленного договора о полной материальной ответственности, соблюдения процента удержаний относительно размера заработной платы и др.
Поэтому вы можете взыскать с работодателя не только сумму незаконно им удержанную, но и проценты, моральный вред.