Доброго Вам дня!
Можете, конечно использовать схему "фактический/юридический" адрес. Но руководитель может быть оштрафован на 5 000 рублей за предоставление в налоговый орган недостоверных сведений об адресе места нахождения юридического лица. Достаточно просто в пределах одного города находиться не по адресу, указанному в Уставе и ЕГРЮЛ.
Есть вариант с обособленным подразделением. Официально ГД будет находиться в Москве, а в СПб будет открыто ОП, по которому будет находится бухгалтерия.
Всю отчетность необходимо подавать в налоговый орган по месту нахождения юридического лица (т.е. в Москве).
-------------------------------------
Могу Вас проконсультировать более подробно с учетом нюансов Вашей ситуации в рамках платной персональной консультации. Заказать Вы её можете в чате со мной, в моём профиле или по ссылке: http://pravoved.ru/newquestion/?uid=5217