Здравствуйте, Анна.
Если речь идет о сертификате медика или фармацевта, то Вы можете обратиться в территориальный орган Росздравнадзора за выдачей дубликата (см. Приказ Минздрава России от 29.11.2012 № 982н «Об утверждении условий и порядка выдачи сертификата специалиста медицинским и фармацевтическим работникам, формы и технических требований сертификата специалиста»).
С работодателя Вы имеете право требовать возместить вам убытки, причиненные Вам утратой сертификата, а также компенсацию морального вреда. Только нужно иметь доказательства, что Вы сертификат передавали представителю работодателя и он не был Вам возвращен по Вашему требованию.
Если вам нужна более подробная индивидуальная консультация или составление документа — можете обратиться ко мне в чат (услуги платные, стоимость и время консультации согласовываются в чате).