Добрый день, Мария!
Порядок увольнения работников ликвидируемого филиала зависит от того, где этот филиал находится. Если в той же местности (населенном пункте), что и само учреждение, то увольнение проходит в порядке сокращения, если в другой местности — в порядке увольнения при ликвидации организаций (п. 2 Определения Конституционного суда РФ от 21.04.2005 N 144-О, п. 16 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 17.03.2004 N 2, ч. 4 ст. 81 ТК РФ).
В соответствии с положениями ч. 4 ст. 261 ТК РФ расторжение трудового договора с женщиной, имеющей ребенка в возрасте до трех лет, по инициативе работодателя не допускается (за исключением увольнения по основаниям, предусмотренным п. 1, 5 — 8, 10 или 11 ч. 1 ст. 81 или п. 2 ст. 336 ТК РФ).
Из этого следует, что уволить Вас в порядке сокращения нельзя, а в порядке ликвидации можно.