Как действовать, если при составлении договора дарения доли квартиры были допущены ошибки?

Здравствуйте. В вашем случае проще не делать дополнительное соглашение, а скорректировать (устранить опечатки) и подписать договор дарения. Можно это сделать и подписав дополнительное соглашение к нему, но вам придется корректировать много пунктов, это своеобразная техника и достаточно тяжело будет не допустить новых ошибок, как вы поняли регистратор их прекрасно находит, поэтому первый вариант более предпочтительный, в МФЦ (юстиции) вам должны были предложить его как основной (обычно) они так делают. 

Надеюсь моя консультация вам помогла желаю благополучного решения вашего вопроса.