Людмила, здравствуйте.
Да, ситуация, конечно у Вас малоприятная. Дело в том, что отказ в приеме заявления правомерен и основан на ст. 134 ГПК РФ:
1. Судья отказывает в принятии искового заявления в случае, если:
2) имеется вступившее в законную силу решение суда по спору между теми же сторонами, о том же предмете и по тем же основаниям или определение суда о прекращении производства по делу в связи с принятием отказа истца от иска или утверждением мирового соглашения сторон;
3. Отказ в принятии искового заявления препятствует повторному обращению заявителя в суд с иском к тому же ответчику, о том же предмете и по тем же основаниям. На определение судьи об отказе в принятии заявления может быть подана частная жалоба.
Таким образом, поскольку отказ правомерен, то и смысла подавать жалобу на определение судьи об отказе не имеет смысла.
Получается, что для обращения в суд, необходимо изменить предмет иска и/или основания, но сделать это достаточно сложно.
В этой связи назревает вопрос: Вы обращались с какими именно исковыми требованиями, признание отказа ФСС незаконным и ....?
Если не получается менять предмет иска или основания, то есть вариант с восстановлением срока на обжалование решения и пробовать обжаловать данное решение.
Статья 67 ГПК РФ устанавливает:
7. Суд не может считать доказанными обстоятельства, подтверждаемые только копией документа или иного письменного доказательства, если утрачен и не передан суду оригинал документа, и представленные каждой из спорящих сторон копии этого документа не тождественны между собой, и невозможно установить подлинное содержание оригинала документа с помощью других доказательств.
Также, ст. 71 ГПК РФ установлено:
2. Письменные доказательства представляются в подлиннике или в форме надлежащим образом заверенной копии.
Подлинные документы представляются тогда, когда обстоятельства дела согласно законам или иным нормативным правовым актам подлежат подтверждению только такими документами, когда дело невозможно разрешить без подлинных документов или когда представлены копии документа, различные по своему содержанию. Если копии документов представлены в суд в электронном виде, суд может потребовать представления подлинников этих документов.
При этом, что суд может считать недоказанными обстоятельства, подтверждаемые только копиями документа или иного письменного доказательства,в случае если подлинники таких документов утрачены или если истец уклоняется от их представления.
Это же следует, например, из Обзора судебной практики Верховного Суда Республики Мордовия по гражданским делам за второе полугодие 2014 года http://vs.mor.sudrf.ru/modules.php?name=docum_sud&id=323
Вообще, по идее, при принятии иска к производству должно было быть вынесено определение с требованием представить доказательства в подлиннике, и уже тогда, в случае не представления Вами таких доказательств-можно считать, что Вы уклоняетесь от исполнения такого требования. А тут… ну мягко говоря, дело рассмотрели не справедливо.
Я полагаю, что более правильным вариантом является восстановление срока и обжалование решения.
Теперь по поводу увольнения. Вариантом разрешения я вижу отправка заявления вместе с трудовой по почте и с указанием возврата трудовой книжки также по почте. Просто не совсем понятно, почему она у Вас на руках вообще находится.
С уважением.