Как уволиться с должности генерального директора в данном случае?

Помимо общих норм об увольнении работника, следует руководствоваться следующими статьями ТК РФ:

Статья 278. Дополнительные основания для прекращения трудового договора с руководителем организации
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

 
Помимо оснований, предусмотренных настоящим Кодексом и иными федеральными законами, трудовой договор с руководителем организации прекращается по следующим основаниям:
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

1) в связи с отстранением от должности руководителя организации — должника в соответствии с законодательством о несостоятельности (банкротстве);
2) в связи с принятием уполномоченным органом юридического лица, либо собственником имущества организации, либо уполномоченным собственником лицом (органом) решения о прекращении трудового договора. Решение о прекращении трудового договора по указанному основанию в отношении руководителя унитарного предприятия принимается уполномоченным собственником унитарного предприятия органом в порядке, установленном Правительством Российской Федерации;
(п. 2 в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

3) утратил силу. — Федеральный закон от 03.07.2016 N 347-ФЗ.

Помимо оснований, предусмотренных настоящим Кодексом, включая основания, предусмотренные частью первой настоящей статьи, и другими федеральными законами, основаниями прекращения трудового договора с руководителем организации могут быть:
1) несоблюдение установленного в соответствии со статьей 145 настоящего Кодекса предельного уровня соотношения среднемесячной заработной платы заместителя руководителя и (или) главного бухгалтера государственного внебюджетного фонда Российской Федерации, территориального фонда обязательного медицинского страхования, государственного или муниципального учреждения либо государственного или муниципального унитарного предприятия и среднемесячной заработной платы работников данного фонда, учреждения либо предприятия;
2) иные основания, предусмотренные трудовым договором.
(часть вторая введена Федеральным законом от 03.07.2016 N 347-ФЗ)

 
Статья 279. Гарантии руководителю организации в случае прекращения трудового договора
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

 
В случае прекращения трудового договора с руководителем организации в соответствии с пунктом 2 части первой статьи 278 настоящего Кодекса при отсутствии виновных действий (бездействия) руководителя ему выплачивается компенсация в размере, определяемом трудовым договором, но не ниже трехкратного среднего месячного заработка, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Кодексом.
(в ред. Федеральных законов от 02.04.2014 N 56-ФЗ, от 18.06.2017 N 125-ФЗ)

 
Статья 280. Досрочное расторжение трудового договора по инициативе руководителя организации
 
Руководитель организации имеет право досрочно расторгнуть трудовой договор, предупредив об этом работодателя (собственника имущества организации, его представителя) в письменной форме не позднее чем за один месяц.